建设工程合同管理的工作内容，对工程项目的参加者以及与工程项目有关部门的各方而言，其合同管理工作内容与其所处的角度、所处的阶段有关。
1.建设行政主管部门在施工合同管理中的主要工作
各级建设行政主管部门对施工合同进行宏观管理的主要内容：
(1)宣传贯彻国家有关经济合同方面的法律、法规和方针政策;
(2)贯彻国家制定的施工合同示范文本，并组织推行和指导使用;
(3)组织培训合同管理人员，指导合同管理工作，总结交流工作经验;
(4)审查施工合同的签订，监督检查合同履行，依法处理存在的问题，查处违法行为;
(5)制订签订和履行合同的考核指标，并组织考核，表彰先进的合同管理单位;
(6)确定损失赔偿范围;
(7)调解施工合同纠纷。
2.业主及监理工程师在施工合同管理中的主要工作
1)业主的主要工作
业主的主要工作是对合同进行总体策划和总体控制，对授标及合同的签订进行决策，为承包商的合同实施提供必要的条件，委托监理工程师负责监督承包商履行合同。
2)监理工程师的主要工作
对实行监理的工程项目，监理工程师的主要工作由建设单位(业主)与监理单位双方约定。按照《建筑法》、《建设工程监理规范》的规定，监理工程师必须站在公正的第三者的立场上对施工合同进行管理，其工作内容可以涉及包括招投标阶段和施工实施结算的进度管理、质量管理、投资管理和组织协调的全部或部分：
(1)协助业主组建招标机构，为业主起草招标申请书并协助招标人向当地建设行政主管部门申请办理工程招标的审批工作以及发布招标公告或投标邀请;
(2)对投标人的投标资格进行预审;
(3)组织现场勘察和答疑;
(4)组织开标会议，参加评标工作，推荐中标人;
(5)合同谈判;
(6)起草合同文件和各种相关文件;
(7)解释合同，监督合同的执行，协调业主、承包商、供应商之间的合同关系，站在公正的立场上正确处理索赔与纠纷;
(8)在业主的授权范围内，对工程项目进行进度控制、质量控制、投资控制。
3.承包商在施工合同管理中的主要工作
在我国，由于法制不健全、市场竞争激烈、市场不规范以及施工管理水平低、合同意识淡薄等原因，承包单位合同管理的不足已严重影响我国工程管理水平，并对工程经济和工程质量产生了严重影响。因此，施工承包单位应将合同管理作为一项具体、细致的工作，作为施工项目管理的重点和难点加以对待。
1)确定工程项目合同管理组织
确定工程项目合同管理组织包括项目(或工程队)的组织形式、人员分工和职责等。
2)合同文件、资料的管理
为了防止合同在履行中发生纠纷，合同管理人员应加强合同文件的管理，及时填写并保存经有关方面签证的文件和单据，主要包括：
(1)招标文件、投标文件、合同文本、设计文件、规范、标准以及经设计单位和建设单位(业主或业主代表)签证的设计变更通知等;
(2)建设单位负责供应的设备、材料进场时间以及材料规格、数量和质量情况的备忘录;
(3)承包商负责的主要建筑材料、成品、半成品、构配件及设备;
(4)材料代用议定书;
(5)主控项目和一般项目的质量抽样检验报告，施工操作质量检查记录，检验批质量验收记录，分项工程质量验收记录，隐蔽工程检查验收记录，中间交工工程的验收文件，分部工程质量控制资料;
(6)质量事故鉴定书及其采取的处理措施;
(7)合理化建议内容及节约分成协议书;
(8)赶工协议及提前竣工收益分享协议;
(9)与工程质量、预结算和工期等有关的资料和数据;
(10)与业主代表定期会议的纪录，业主或业主代表的书面指令，与业主(监理工程师)的来往信函、工程照片及各种施工进度报表等。
3)建立合同管理系统
合同管理系统是目前国际上一种先进的合同管理技术，它借助于电子计算机的存储事件，检索条款，分析手段迅速、可靠，为合同管理人员提供决策支持。
随着建筑技术的迅速发展、经济能力的不断扩大，工程项目的规模越来越庞大，涉及的方面日益复杂，合同条款也日益复杂，组成合同文件的部分也越来越多。这样一来遇到合同履行中的问题时，若还要像原来一样迅捷地处理纠纷，就非借助于电子计算机不可。
为了加强工程合同管理，许多国家和国际行业性组织专门制定了标准合同示范文本作为合同当事人签订合同的蓝本。
例如，国际工程师咨询协会(FIDIC)就制定了包括《土木工程施工合同条件》等一系列标准文本，我国工商行政管理局和建设部也先后颁布了《建设工程施工合同》和《建设工程委托监理合同》等示范文本。
